Európska komisia za účelom zmiernenia dopadov hospodárskej a finančnej krízy navrhuje zvýšiť zálohové platby poskytnuté členským krajinám. V nadväznosti na uvedené Európska komisia pristúpila k revízii nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006. Uvedená možnosť bola prezentovaná na zasadnutiach Pracovnej skupiny pre štrukturálne opatrenia dňa 18. 12. 2008, kde v návrhu na zmenu v odseku 10 uvádza, že za účelom rýchlejšej implementácie budú zvýšené zálohové platby pre členské krajiny. Zároveň v tom istom dokumente v odseku 7 Európska komisia zdôrazňuje možnosť jednotlivých členských krajín vyplácať zálohové platby prijímateľom zo súkromného sektora.
Analýza možností úpravy Systému finančného riadenia ŠF a KF na programové obdobie 2007 – 2013 (ďalej len "Analýza") je MF SR vypracovaná v nadväznosti na úlohu B.4 z uznesenia vlády SR č. 169/2009 zo dňa 25. februára 2009, ktorým bola prijatá "Správa o aktuálnych otázkach implementácie štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu". Cieľom Analýzy je zistiť možnosti rýchlejšieho využitia prostriedkov zálohových platieb, ktoré Európska komisia poskytla SR na mimorozpočtové účty certifikačného orgánu s cieľom flexibilnejšieho vyplácania finančných prostriedkov prijímateľom na realizáciu projektov.
MF SR identifikovalo nasledovné možnosti v rámci uplatňovania systému finančného riadenia so zapojením zálohovej platby poskytnutej na mimorozpočtové účty certifikačného orgánu:
rozšírenie oprávnených prijímateľov pre systém zálohových platieb a predfinancovania,
zjednodušenie podmienok poskytnutia/zúčtovania zálohových platieb pri rozšírení oprávnených prijímateľov pre systém zálohových platieb,
zmena spôsobu zaraďovania prostriedkov EÚ do príjmov štátneho rozpočtu pri rozšírení oprávnených prijímateľov pre systém zálohových platieb a predfinancovania.